FFPE-Probenvorbereitung in NGS-Workflows

10 Tipps zum Umgang mit FFPE-Gewebe

Bereitgestellt von: Beckman Coulter GmbH

10 Tipps zum Umgang mit FFPE-Gewebe

DNA und RNA aus FFPE-Proben weisen ein Risiko für Fragmentierung und chemische Modifikation auf, welches sie für viele molekularen Assays unbrauchbar macht. Optimieren Sie den NGS-Workflow, um zuverlässige und kostengünstig Ergebnisse zu erzielen.

In zunehmendem Maße sind Formalin-fixierte, Paraffin-eingebettete (FFPE) Proben ein wesentlicher Bestandteil vieler Next-Generation Sequencing (NGS) Probenvorbereitungsworkflows. Diese Proben stellen einzigartige Herausforderungen für die zuverlässige Isolierung von Nukleinsäuren dar. DNA und RNA aus FFPE-Gewebe weisen ein hohes Risiko für signifikante Fragmentierung und chemische Modifikation auf, was sie in vielen molekularen Assays, einschließlich NGS, unbrauchbar macht.
 
Die Fähigkeit, qualitativ hochwertige Nukleinsäuren aus FFPE-Gewebe zu isolieren, wird durch den wissenschaftlichen Ansatz bestimmt. Bevor Sie sich für Ihren beabsichtigten Ansatz entscheiden, sollten Sie einige kritische Fragen beachten.
 
Im englischen Whitepaper stellen und beantworten wir zusammen mit dem Wissenschaftler Dr. Jung Doh 10 Fragen zum richtigen wissenschaftlichen Ansatz und Umgang mit FFPE-Proben in NGS-Workflows, wie etwa:

  • Kann die NGS-Datenqualität aus FFPE-Gewebe mit der Qualität aus frischgefrorenen Gewebeproben mithalten?
  • Wie beeinflusst die FFPE-Probenvorbereitung die Ausbeute und Qualität der isolierten DNA oder RNA?
  • Lässt sich miRNA erfolgreich aus FFPE isolieren?
  • Beeinflusst das Alter der FFPE-Probe die Datenqualität für NGS-Bibliotheken?
  • Wie kann ich die Kosten für meinen NGS-workflow optimieren?
Wir freuen uns über Ihr Interesse am Whitepaper!
Mit nur einem Klick auf den Button können Sie sich das Whitepaper kostenfrei herunterladen. Interessante Einblicke wünscht Ihnen Ihr Laborpraxis-Team.
 

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Publiziert: 16.04.18 | Beckman Coulter GmbH

Anbieter des Whitepapers

Beckman Coulter GmbH

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47807 Krefeld
Deutschland