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1000-Genome-Projekt Baylor College of Medicine beteiligt sich am 1000-Genome-Projekt

Redakteur: Olaf Spörkel

Wissenschaftler des Medicine Human Genome Sequencing Center (HGSC) am Baylor College, USA, treten mit sechs SOLiD-Systemen des Applera-Unternehmens Applied Biosystems in die Pilotphase des 1000-Genome-Projekts ein.

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„Der erfolgreiche Abschluss des 1000-Genome-Projekts wird Untersuchungen im Zusammenhang mit personalisierter Medizin und Krankheitsassoziation Tür und Tor öffnen“, so Shaf Yousaf, Präsident des Bereichs Molecular and Cell Biology Genomic Analysis von Applied Biosystems. (Quelle: Applied Biosystems)
„Der erfolgreiche Abschluss des 1000-Genome-Projekts wird Untersuchungen im Zusammenhang mit personalisierter Medizin und Krankheitsassoziation Tür und Tor öffnen“, so Shaf Yousaf, Präsident des Bereichs Molecular and Cell Biology Genomic Analysis von Applied Biosystems. (Quelle: Applied Biosystems)
( Archiv: Vogel Business Media )

Houston, Foster City/Kalifornien – Im Rahmen des 1000-Genome-Projekts sollen weltweit insgesamt 1000 menschliche Genome sequenziert werden, um ein detailliertes Bild genetischer Variation erzeugen zu können. Die Wissenschaftler hoffen, dadurch die Rolle varianter DNA-Sequenzen bei der Entstehung von Krankheiten wie Krebs, Diabetes oder Herzkrankheiten künftig besser zu verstehen. Gesponsert wird das Projekt vom National Human Genome Research Institute (NHGRI), Wellcome Trust und dem Beijing Genome Institute.

Auswahl der geeigneten Sequenzierverfahren

Durch den Einsatz des SOLiD-Systems verstärkt das HGSC seine Aktivitäten in der ersten Phase des Genomprojekts, in der die am besten geeigneten Sequenzierverfahren bestimmt werden. Die Pilotphase startete Anfang April 2008 und wird nach vier Monaten beendet sein. Mithilfe des SOLiD-Systems sollen in diesem Zeitraum etwa 200 Milliarden Basen sequenziert werden. Die Daten werden signifikante Sequenzbereiche von 24 menschlichen Genomproben abdecken.

Bei der Analyse humaner genetischer Variabilität besagt die Sequenzabdeckung, wie oft jede der rund drei Milliarden Basenpaaren eines Genoms vom Sequenziersystem gelesen wird. Je höher die Abdeckung ist, umso größer ist das Vertrauen in die gefundene DNA-Sequenz. Damit steigt gleichzeitig die Wahrscheinlichkeit, tatsächliche Genomvariationen zu erkennen. Laut dem HGSC ist ein wichtiges Ziel in der Pilotphase des 1.000-Genome-Projekts, die Sequenzabdeckung zu bestimmen, mit der DNA-Variationen zwischen Individuen zuverlässig charakterisiert werden können.

Hoher Durchsatz entscheidet

Das HGSC wählte das SOLiD-System unter anderem wegen seines hohen Durchsatzes aus. Das System kann laut Unternehmensangaben mehr als zehn Gigabasen pro Lauf sequenzieren. „Sequenzierplattformen, die hohe Datendichten bei einer Leselänge von 20 bis 50 Basenpaaren erzeugen, spielen eine wichtige Rolle“, so Dr. Richard Gibbs, Direktor des HGSC am Baylor College of Medicine.

„Die Entscheidung des HGSC, im Rahmen eines großen Resequenzierungsprojekts auf das SOLiD-System umzusteigen, unterstreicht die Vorteile des Systems bei dieser Art von Forschungsvorhaben“, sagte Shaf Yousaf, Präsident des Bereichs Molecular and Cell Biology Genomic Analysis von Applied Biosystems. „Der erfolgreiche Abschluss des Projekts wird zusätzliche Anwendungen im Rahmen der genetischen Analyse ermöglichen. Er wird dadurch einer großen Schar von Untersuchungen im Zusammenhang mit personalisierter Medizin und Krankheitsassoziation Tür und Tor öffnen. Wir glauben, dass dieses Projekt Biowissenschaftler einen Schritt näher an ihr Ziel bringt, die Beziehung zwischen genetischer Variation und Krankheitsentstehung zu erkennen.“

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