Antikörper Fünf Tipps für die Auswahl des richtigen Antikörpers

Die Auswahl des perfekten Reagenz basiert heute angesichts der Menge an verfügbaren Daten mehr denn je auf experimentellen Daten aus erster Hand. Validierungsprogramme, die unabhängige Produktdaten generieren, repräsentieren die Lösung dieses Problems und finden daher großes Interesse in der Forschergemeinschaft.

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Jemand, der Mitte 90er Jahre die Gelegenheit hatte, einen Fuß in ein typisches molekularbiologisches Labor zu setzen, sah üblicherweise mindestens eine der Wände durch ein Regal mit einer beeindruckenden Anzahl diverser Reagenzienkataloge bedeckt. Diese physikalischen Kataloge spiegelten zu dieser Zeit den gesamten Labormikrokosmos wider: Von Pipettenspitzen, Reagenzgläsern, Platten über Wachstumsmedium, gängige Puffer und andere Chemikalien bis hin zu kompetenten Bakterien und Zelllinien, Enzymen und Antikörpern – was auch immer im Laboralltag verwendet wurde, fand sich in diesen papiernen Nachschlagewerken.

Dieses Bild hat sich seither dramatisch geändert. Die allgegenwärtige Digitalisierung hat auch – oder gerade – vor dem Labor nicht Halt gemacht. Computer sind aus dem wissenschaftlichen Alltag nicht mehr wegzudenken. Das Postgenomikzeitalter ist aufgrund der notwendigen Rechenleistung und des riesigen Datenaufkommens erst durch leistungsfähige, erschwingliche Computer möglich geworden. Zugleich werden auch für solch profanen Prozesse wie die Reagenziensuche nur noch in seltenen Fällen die greifbaren Pendants zu den digitalen Katalogen zu Hilfe genommen.

Das heute typische Labor ist nach wie vor weit vom Ideal einer papierlosen Umgebung entfernt. Ein Großteil der Arbeit läuft jedoch mittlerweile am Rechner ab. Zu Beginn der Computerisierung diente der Rechenknecht in erster Linie als Hilfsmittel bei der Suche nach relevanter Literatur im Vorfeld eines Experiments. Diese Bedeutung hat noch zugenommen da praktisch alle Veröffentlichungen mittlerweile über das Internet zugänglich sind und selbst für frühere Publikationen der Gang zur Institutsbibliothek selten vonnöten ist. Bereits bei der Vorbereitung eines Experiments kommt dem Computer und den damit offenstehenden Ressourcen also eine immense Bedeutung zu.

Wie findet man ein geeignetes Reagenz?

Neben Primärliteratur sind öffentlich zugängliche Datenbanken und Diskussionsforen von zunehmender Bedeutung. Derartige Datenbanken schließen Referenzen wie Uniprot, den UCSC Genome Browser oder die vielfältigen Quellen des National Center for Biotechnology Information (NCBI) ein. Darüber hinaus spielt die stetig steigende Zahl spezialisierter, häufig privat finanzierter Nachschlagewerke, Foren und Datenaggregatoren wie des Human Protein Atlas, Researchgate oder Biocompare in zunehmendem Maße eine signifikante Rolle bei der Identifikation geeigneter Reagenzien.

Die Bezugsquellen von Reagenzien für anstehende und laufende Experimente lassen sind im Wesentlichen dieselben geblieben: Es ist der Kollege im freundlichen Labor nebenan, der Hersteller des Produktes oder ein Distributor, quasi ein Mittler zwischen dem Hersteller und dem Endanwender. Vollkommen unangetastet von der Digitalisierung ist keine dieser Bezugsmöglichkeiten geblieben.

Für den interkollegialen Austausch gibt es dank Internet Portale wie Kerafast, die eine Plattform zwecks Austausch insbesondere seltener Reagenzien zur Verfügung stellen. Die Produktsuche bei den anderen beiden Anbietern – Herstellern und Distributoren – ist mittlerweile sehr stark auf die digitale Umsetzung ausgelegt. Produktkataloge werden über Filter zu bestimmten Produkteigenschaften, Anwendungen, Forschungsgebieten, Preise und verfügbare Validierungsdaten und Publikationen gefiltert bis zu dem Punkt an dem nur noch eine Handvoll geeigneter Produkte in Frage kommen. Alternativ lassen sie Online- Kataloge für gewöhnlich auch analog zu den Papier-Pendant durchsuchen bis man zum relevanten Produkt kommt.

Der Online-Distributor antikoerper-online beispielsweise bietet die Möglichkeit, unter 1,5 Millionen Produkten einen Antikörper von Interesse zu identifizieren. Die Suche beginnt mit dem Namen eines bestimmten Antigens. Im Folgenden werden Kriterien wie Wirtsspezies, Klonalität und Isotyp, Anwendung und vielleicht ein bestimmtes Konjugat hinzugefügt. Auch nach vorhandenen Validierungsdaten kann gefiltert werden bis am Ende eine überschaubare Zahl von Antikörpern übrig ist, die die gewünschten Anforderungen erfüllen. Alternativ lässt sich der Online-Katalog durchstöbern, indem man sich anhand etablierter Signalwege zum Wunschprodukt klickt.

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