Datenspeicher für Genomforschung IT-Lösung für schnellere Untersuchungsergebnisse in der Genomforschung

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Pure Storage GmbH

Der IT-Dienstleister Pure Storage hat bekannt gegeben, dass die Australian Genome Research Facility (AGRF) sich für seinen Datenspeicherdienst Flash Blade entschieden hat. Als Australiens größter Anbieter von Genomforschungsdiensten und -lösungen setzt die AGRF die UFFO-Storage-Lösung (Unified Fast File and Object) von Pure Storage ein, um die Datenleistung zu beschleunigen und die Durchlaufzeiten von Genomforschungs-Pipelines Kunden weltweit zu reduzieren.

In den Bio- und Life Sciences ist die Australian Genome Research Facility (AGRF) international bekannt. Sie arbeitet mit der Genomik-Community zusammen, um integrierte Funktionen für die Bereiche Biomedizin, Klinik, Landwirtschaft und Umwelt bereitzustellen. Die Institution stand im Mittelpunkt der Covid-19-Forschung und der Bemühungen um den Schutz bedrohter australischer Tierarten. Ihre genomischen Wissenschaftslösungen zielen darauf ab, das tägliche Leben der Menschen mithilfe von Daten grundlegend zu verbessern.

Bei der Sequenzierung von Genomikdaten entstehen jedoch riesige Mengen an Daten und Metadaten, die eine skalierbare, zuverlässige und leistungsstarke Speicherinfrastruktur erfordern. So generiert die AGRF jede Woche mehr als zehn Terabyte an Rohdaten, die sich etwa vervierfachen, bevor deren Weiterleitung an die weltweit 15.000 Kunden erfolgt.

Das brachte die neue Speicherlösung

Die AGRF muss in der Lage sein, diese großen Rohdatensätze zu verwalten und schnelle, kosteneffektive Sequenzierungsdienste bereitzustellen. Daher entschied sich die Forschungseinrichtung, ihre bestehende Scale-Out-Dateisystemtechnologie zu ersetzen, da die sich als schwierig zu verwalten, instabil, komplex und kostenintensiv erwies.

Mit Pure Storage hat die AGRF einen Partner für leistungsstarke Datenspeichertechnologien und -dienste gefunden. Dank der angebotenen UFFO-Storage-Lösung (Unified Fast File and Object) Flash Blade gelang es, die Metadatenleistung und Speicher­kapazität zu erhöhen und letztendlich die End-to-End-Sequenzierungspipeline zu optimieren. Durch die Migration bestehender Workloads auf Flash Blade erzielte die AGRF eine höhere I/O-Leistung und Bandbreite bei geringerer Latenz. Dies ermöglichte es, Rechenaufgaben schneller durchzuführen und die Rechenkapazität ohne Kapazitätseinbußen zu erhöhen, wie aus einer Pressemeldung hervorgeht. Mit Unterstützung des Speicherdienstes reduzierte sich die Zeit für die klinische Genomsequenzierung laut IT-Dienstleister Pure Storage um bis zu 86 Prozent – von 28 auf nur zehn Tage und in dringenden Fällen sogar auf nur vier Tage. Darüber hinaus konnte die AGRF die für den Abschluss der wichtigen ersten Phase des Analyse-Workflows nötige Zeit von 18 Stunden auf drei Stunden reduzieren, was einer sechsfachen Leistungssteigerung entspricht. Eine weitere nachfolgende Phase des Workflows ließ sich von zehn Stunden auf nur 23 Minuten verkürzen, was einer 26- fachen Leistungssteigerung entspricht.

„Die Einfachheit und Skalierbarkeit von Flash Blade ermöglicht es uns nicht nur, unseren Sequenzierungsanalyse-Workflow schnell und reibungslos auszuführen. Die gesteigerte Leistung erlaubt es uns auch, neue Technologien einzuführen, die uns bei der allgemeinen Rechenfunktionalität helfen“, sagt Douglas Morrison, ICT Manager bei der AGRF. „Darüber hinaus lässt sich Flash Blade direkt mit Sequenzierern, einschließlich Illumina, verbinden, um die sequenzierten Rohdaten einzuspeisen, was unsere Workflows erheblich verbessert. Jetzt sind wir in der Lage, schnellere Ergebnisse zu liefern.“

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