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Intelligent automatisieren

Mikroskopie: In sechs Schritten zum automatisierten Scannen von Slides

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  • Schritt 1: Der Nutzer beschreibt innerhalb des Projekts in der Bild-Datenbank jedes Slide, das gescannt werden soll, in einem getrennten Unterordner, mit der relevanten Information für die Einfärbung der Probe (z.B. Antikörper-Typen und Verdünnungen, Puffer). Diese Informationen werden durch die Mitarbeiter des Histologie-Labors verwendet, um den Roboter für die Färbung der Aufnahme zu programmieren. Nach Abschluss des Färbens erzeugt das im vorliegenden Fall verwendete Ventana-System ein Protokoll, erstellt einen Bericht und die Mitarbeiter importieren diese Dateien in die Bild-Datenbank des Nutzerprojekts.
  • Schritt 2: Der Nutzer lädt die Slides in den Scanner. Um das langwierige und fehleranfällige Benennen jedes einzelnen Slides zu vermeiden, steuert die Software den Scanner (ZEN 2.0 bzw. Axio Scan.Z1 von Zeiss). Ein Skript wurde in-house entwickelt, um die Namen der Experimente aus der Bild-Datenbank in eine XLS-Datei zu exportieren, die direkt in die Scanner-Software importiert werden kann. Ein eindeutiges Tag wird dem Experiment-Namen sowohl in der Datenbank als auch beim Export hinzugefügt, um das Slide zu identifizieren. Jedes Slide kann dann auf seinem Weg in die Histologie und zurück zum Scannen und Archivieren der Bilder ohne Verwechslung rückverfolgt werden.
  • Schritt 3: Die Slides werden automatisch gescannt und die Bilder lokal auf Festplatten gespeichert (4 TB Kapazität). Ein Robocopy-Skript spiegelt diesen Daten-Ordner automatisch auf einem Server, der durch eine 10-GB-Verbindung verbunden ist.
  • Schritt 4: Ein selbst erstelltes Skript in der Bild-Datenbank sucht regelmäßig nach neuen Dateien auf diesem Server. Wenn der Name einer Datei mit dem eines Experiments auf diesem Server übereinstimmt, wird eine kleine Abbildung des Etiketts des Slides und der Link zur Datei selbst auf dem Server der Datenbank hinzugefügt.
  • Schritt 5: Der Nutzer kann die Bilder nochmals durchsehen, und zwar von jedem beliebigen Computer aus der Einrichtung oder auf virtuellen Geräten, auf die durch Desktop-Verbindungen aus der Ferne zugegriffen wird. Alle werden mit dem Server durch ein fest zugeordnetes 10-GB-Netzwerk verbunden.
  • Schritt 6: Will der Nutzer ein Bild langfristig archivieren, dann zeigt die Maske für das Experiment in der Bild-Datenbank eine kleine Schaltfläche, die, wenn sie ausgewählt wird, jede Nacht eine Kopie der Dateien vom Server in das Archivsystem des Instituts auslöst, welches aus Laufwerken und Bändern mit einer maximalen Kapazität von 8 PT besteht. Es werden drei redundante Kopien der Daten erstellt. Durch den zusätzlichen Schritt „klicken für das Archivieren“ wird das automatische Importieren von nicht erfolgreichen Experimenten in die Bild-Datenbank vermieden.

* Dr. H. Wolff: Carl Zeiss Microscopy GmbH, 07745 Jena

* *Dr. L. Gelman: Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research, 4058 Basel

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