Vbio-Kommentar Zugang zu Forschungsdaten in Gefahr

Anbieter zum Thema

Verband Biologie, Biowissen- schaften und Biomedizin in Deutschland e.V. - VBIO

BRAND GMBH + CO KG

LECO Instrumente GmbH

Dr. Klinkner & Partner GmbH

Forschungsergebnisse aus Datenbanken nur noch gegen Zahlung? Der Vbio-Präsident Prof. Dr. Markus Engstler warnt in einem Kommentar vor diesem Szenario. Als Beispiel führt er eine Infektionsbiologie-Datenbank an, die bisher von der amerikanischen Gesundheitsbehörde NIH gefördert wurde.

Grundlagenforschung ist auf den freien Zugang zu Forschungsdaten angewiesen. Unterhaltung, Pflege und Weiterentwicklung von Forschungsdatenbanken kosten viel Geld, das bislang dank weniger großer Förderer zur Verfügung stand. Heute ist die Zukunft vieler Repositorien allerdings ungewiss. Die Betreiber der Datenbanken beginnen bereits damit, hohe Nutzungsgebühren einzuführen. Finanzmittel, die nicht eingeplant und für viele Forscher/-innen aus den Ländern des globalen Südens auch gar nicht leistbar sind. Am Beispiel der Datenbank VEuPathDB (The Eukaryotic Pathogen, Vector, and Host Informatics Resources) werden die Konsequenzen des Verlusts von freiem Zugang zu Daten deutlich.

Stellen Sie sich vor, das Browsen im Internet, die Nutzung von Suchmaschinen und eingebauten KI-Tools sei plötzlich zahlungspflichtig. Das hätte wahrscheinlich einen massiven Einfluss auf die tägliche Arbeit und die Produktivität.

„Genau dieses Szenario zeichnet sich gerade in Hinblick auf spezialisierte wissenschaftliche Datenbanken ab – die Entwicklungen bei der vor allem in der Infektionsbiologie genutzten Datenbank VEuPathDB sind da nur ein Beispiel“ darauf weist Prof. Dr. Markus Engstler, jüngst gewählter Präsident des Verbandes Biologie, Biowissenschaften & Biomedizin in Deutschland (Vbio), aus aktuellem Anlass hin.

Biowissenschaftliche Forschung benötigt Zugang zu einer Vielzahl von speziellen Datensammlungen. Die dort gesammelten Daten sind allesamt Forschungsergebnisse, die über lange Zeiträume hinweg erhoben, annotiert und in Datenbanken öffentlich zugänglich gemacht wurden. Tatsächlich sind Publikationen ohne Veröffentlichung der zu Grunde liegenden experimentellen Datensätze heute quasi nicht mehr möglich. In den Datenbanken liegen also wissenschaftliche Ergebnisse, auf denen alle künftige Forschung aufbaut.

Beispiele solcher unverzichtbaren Ressourcen sind die großen biologischen Datenbanken; etwa die Sammlungen genetischer und biochemischer Daten, die seit Beginn der Molekularbiologie vor über 50 Jahren aufgebaut wurden. Die Protein Data Bank (PDB) etwa versammelt alle verfügbaren Strukturdaten von Proteinen. Nur mithilfe dieser dort über Jahrzehnte gepflegten Datensätze konnte eine bahnbrechende KI wie AlphaFold trainiert werden – eine Leistung, die im vergangenen Jahr mit dem Nobelpreis für Chemie ausgezeichnet wurde.

Ohne Datenbank keine zielgerichtete Forschung zu Infektionskrankheiten

Im Bereich der eukaryotischen Pathogene, Vektoren und Wirtsinformationen ist die relevante Datenbank VEuPathDB. Sie stellt sicher, dass genomische und andere umfangreiche Datensätze für die weltweite Gemeinschaft der biomedizinischen Forscher zugänglich, durchsuchbar und mit ständig neuen Algorithmen analysierbar sind. Sie liefert damit entscheidende Informationen über Erreger von Infektionskrankheiten, einschließlich ihrer Interaktion mit Säugetierwirten und Krankheitsüberträgern, wie z. B. blutsaugenden Mücken und Fliegen. Die Grundlagenforschung an großen Infektionskrankheiten mit Millionen Krankheitsfällen wie beispielsweise Malaria oder Chagas-Fieber ist auf den offenen und freien Zugang zu den in dieser Datenbank hinterlegten Daten angewiesen.

Doch die Finanzierung von VEuPathDB ist in Gefahr, da sich die amerikanischen NIH (National Institutes of Healt, bisher maßgeblicher Förderer, aus der Förderung zurückgezogen hat. Vor wenigen Wochen wurde ein „freiwilliges Bezahlmodell“ eingeführt, das den Fortbestand der Datenbank kurzfristig sichern soll. Das bedeutet für ein durchschnittlich großes Labor Kosten von bis zu mehreren tausend Euro pro Jahr. Finanzielle Mittel, die so nicht eingeplant und für viele Forschende aus den Ländern des globalen Südens so gar nicht leistbar sind.

Politik muss wissenschaftliche Datenbanken resilient machen

Wenn ein wissenschaftliches Fachgebiet seine spezialisierten Datenbanken – hier die VEuPathDB – verliert, wird seine Produktivität umgehend und drastisch eingeschränkt. Das Forschungsfeld verliert massiv an Attraktivität. Der wissenschaftliche Nachwuchs wird auf der Suche nach zukunftsträchtigeren und produktiveren Forschungsfelder kurzfristig abwandern und das Fachgebiet mittelfristig verschwinden. Dies wäre vor allem für Forschungsfelder wie die Infektionsbiologie oder Parasitologie fatal, die die Grundlagen liefern, um z. B. den Herausforderungen von One Health und Pandemieprävention zu begegnen.

Es besteht also kurzfristiger Handlungsbedarf, denn die erforderlichen Mittel müssen zeitnah zur Verfügung gestellt werden. Eine zeitlich befristete Aussetzung der Pflege der Datenbanken ist dabei keine Option, da der Datenbestand ständig wächst und die Datenbank selbst technisch angepasst werden müssen. „Ist das entsprechende personelle Know-how erst einmal verloren, ist die Wiederherstellung einer einmal abgeschalteten Datenbank kaum noch möglich – und kostet deutlich mehr als der Erhalt der bestehenden Datenbank“ erläutert Engstler.

Das drohende Schicksal der VEuPathDB ist hier nur ein aktuelles Beispiel für die Herausforderungen, die auf die Biowissenschaften zukommen.

Es ist dringend Zeit, dass die Naturwissenschaften sich der Gefahr bewusstwerden und dass die Politik die Instrumente schafft, wissenschaftliche Datenbanken unangreifbar und resilient zu machen.

(ID:50429647)