English China
Suchen

Registrierungspflichtiger Artikel

Software für modernes Imaging Mikroskopie: Von Bildern zu Daten

Autor / Redakteur: Horst Wolff*, Renée Dalrymple*, Rebecca Elsässer* / Christian Lüttmann

Gerade in den Neurowissenschaften müssen Anwender verschiedene Mikroskopietechniken nutzen, um die entsprechenden Probeninformationen zu erhalten. Wie gelingt dies, ohne in jeder Technik ein absoluter Experte zu sein, und wie hilft die Software dabei?

Firmen zum Thema

Abb. 1: Übersicht über den mit einem automatisierten Weitfeldmikroskop aufgenommenen Gehirnschnitt der Maus und 3D-Rendering einer Region im Hippocampus (Zellkerne in rot. Hippocampale Neuronen in grün).
Abb. 1: Übersicht über den mit einem automatisierten Weitfeldmikroskop aufgenommenen Gehirnschnitt der Maus und 3D-Rendering einer Region im Hippocampus (Zellkerne in rot. Hippocampale Neuronen in grün).
(Probe: Herms lab, LMU Munich)

Der Blick durch das Okular und dann das manuelle Abzeichnen des Präparats ist lange passé: Ohne Bildverarbeitungssoftware geht in der modernen Mikroskopie nichts mehr. Seit Jahrzehnten wird dabei die Software so optimiert, dass sie mit den Anforderungen der Mikroskopsysteme Schritt hält. Gleichzeitig wurde sie um Funktionen zur Verarbeitung, Analyse, Visualisierung und Speicherung erweitert, um dem Anwender schnellere Antworten auf seine wissenschaftlichen Fragen zu geben. Zusammen mit Hardware-Innovationen hat dies zu einer Generation von Imaging-Systemen geführt, die es ermöglicht, fixierte und lebende Proben länger, tiefer und detaillierter als je zuvor abzubilden. Das Spektrum der Forschungsanwendungen in den Life Sciences ist so breit gefächert, dass es wichtig ist, dass die Softwarepakete optimal darauf abgestimmt sind.

Benutzerfreundlichkeit und Leistung

Anwender erwarten beste Leistung und Benutzerfreundlichkeit für ihre spezifischen experimentellen Bedürfnisse. Die Vielfalt an Instrumenten, Versuchsaufbauten und gewünschten Ergebnissen ist so groß, dass sie mit einem einzigen Softwarepaket kaum zu bewältigen ist. Die meisten kommerziellen Imaging-Software-Suiten bieten dem Anwender daher Werkzeuge zur Entwicklung eigener Module sowie Schnittstellen zu anderen spezialisierten Anwendungslösungen. Die Python-Programmierschnittstelle und der OME TIFF-Export, die in die Mikroskopiesoftware Zeiss ZEN integriert sind, sind Beispiele dafür, wie eine Software mit anderen Anwendungen verbunden werden kann und mit diesen interagiert.