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Frei für den akademischen Gebrauch – Software erleichtert das Zeichnen chemischer Strukturen

22.04.2009 | Autor / Redakteur: Keith T. Taylor* / Marc Platthaus

1 Die Software ermöglicht die schnelle Bestimmung der 3D-Strukturkonformationen, um die Gesamtform einer Struktur sowie die Ladungsverteilung visualisieren zu können.
1 Die Software ermöglicht die schnelle Bestimmung der 3D-Strukturkonformationen, um die Gesamtform einer Struktur sowie die Ladungsverteilung visualisieren zu können.

Vieles in der Chemie beginnt mit einer Struktur. Diverse Softwareprogramme unterstützen den Chemiker dabei, Strukturformeln zu erstellen. Ein neues Tool, das für den akademischen Gebrauch kostenlos ist, soll das Zeichnen komplexer chemischer Moleküle noch schneller, einfacher und präziser machen.

Am Anfang steht die Struktur – die Visualisierung von chemischen Reaktionen hilft Wissenschaftlern oftmals dabei, die Planung von Synthesen durchzuführen oder neue Reaktionswege zu entwickeln, da chemische Strukturen und Reaktionen zum wertvollsten geistigen Eigentum von Forschungseinrichtungen gehören. Damit Chemiker diese entscheidenden chemischen Bausteine genau darstellen können, hat Symyx Draw 3.1 vorgestellt. Mit dem Tool gestaltet sich das Zeichnen einfacher und komplexer chemischer Strukturen für Präsentationen oder Abfragen schneller, einfacher und präziser. Symyx Draw 3.1 ist Nachfolger des weit verbreiteten Isis/Draw-Pakets und eine der Schlüsselkomponenten des Isis-Nachfolgers Symyx Isentris.

Hinter der Entwicklung von Symyx Draw 3.1 stand das Ziel, die Möglichkeiten für Wissenschaftler zur Erfassung und zum Austausch komplexer chemischer Strukturen und Reaktionen zu verbessern. Die neue Software ermöglicht das Zeichnen von Polymeren und Mischungen bei voller S-group-Unterstützung und unterstützt darüber hinaus R-group- und 3D-Abfragen. Zu den weiteren Verbesserungen zählen Name-zu-Struktur- und Struktur-zu-Name-Konvertierungen sowie eine steigende Anzahl kostenloser Add-ons.

Einfache Handhabung biochemischer Strukturen

Biowissenschaftler in der Forschung profitieren von den neuen Verbesserungen und Biomolekül-Unterstützung. Dies gilt insbesondere bei der Erstellung, Registrierung und Suche nach chemisch veränderten Peptid- oder Nukleotidsequenzen. Über die Sequenz-Tools können Wissenschaftler schnell Ein- oder Dreibuchstabencodes für Aminosäuren oder RNA- und DNA-Sequenzen erstellen. Wissenschaftler können einfach Kreuzbindungen und Disulfidbrücken zeichnen und Schutzgruppen der Seitenketten mittels eines einzigen Toolsets hinzufügen. Mit einem Klick wird die Verkürzung zur kompletten Struktur erweitert, die Anzeige vom Ein- auf den Dreibuchstabencode umgestellt oder das Ende der Proteinkette ausgeblendet.

Verbesserte stereochemische Darstellung

Symyx Draw 3.1 unterstützt außerdem die verbesserte stereochemische Wahrnehmung, sodass Chemiker zwischen absoluter und relativer Konfiguration stereogener Zentren in einer einzigen Struktur unterscheiden können. Diese verbesserte Darstellung wirkt sich auch positiv auf die Aufzeichnung, Speicherung und Suche nach Informationen zur optischen Reinheit über die bewährte Data-S-group-Darstellung von Symyx aus. Dadurch können Chemiker exakte Proportionen der von ihnen hergestellten Verbindungen darstellen und aufzeichnen. Das neue Software-Paket ermöglicht es Chemikern auch, Konvertierungen von Name zu Struktur sowie von Struktur zu Name durchzuführen, wobei mehrere verschiedene Methoden zur Erstellung des Namens oder der Struktur unterstützt werden. Bei der Konvertierung vom Namen zur Struktur können Sie die Option „Generate Structure from Text“ (Struktur aus Text generieren) wählen und dann IUPAC-Name, SMILES-String oder InChI-String als Informationsquelle auswählen. Bei der Konvertierung von Struktur zum Name können Sie dann IUPAC-Name, SMILES-String, InChI-String oder NEMA-Schlüssel als Ausgabetext auswählen.

Nützliche, leistungsstarke Zusatzrechner

Symyx Draw bietet im Vergleich zu ISIS/Draw eine größere Anzahl kostenloser Software-Erweiterungen, welche zu einer verbesserten Workflow-Effizienz führen (dazu zählen Tools zur 3D-Minimierung, für stöchiometrische Berechnungen, für Berechnungen/Prog-nosen der Moleküleigenschaften, für Enumerationen, zur Bioverfügbarkeit, für Echtzeitberechnungen beim Zeichnen sowie zur Isotopomerverteilung). Beispielsweise können Anwender ohne Schwierigkeiten wissenschaftliche Rechner, Prädiktoren, Enumeratoren, Prüfungen der Business Rule und Vokabeln für stereochemische Regeln ihrem personalisierten Toolkit innerhalb von Symyx Draw hinzufügen.

Symyx Draw 3.1 hat dasselbe Erscheinungsbild wie sein Vorgänger ISIS/Draw, bietet jedoch eine größere Benutzerfreundlichkeit. Mit dem universellen Zeichentool können schnell bestimmte Strukturen skizziert werden, darunter Verbindungen, Ringe, Ketten und Atome, ohne dabei zwischen den einzelnen Tools hin- und herschalten zu müssen. Über dynamische Schutzgruppen-Vorlagen aus einer Bibliothek können komplexe Strukturen und Reaktionen mit einem Mausklick erstellt werden. Auch das Rotieren einer Struktur oder das Spiegeln ist mit wenigen Handgriffen durchführbar. Symyx Draw unterstützt das schnelle, effiziente und genaue Zeichnen von Strukturen und Abfragen. Es erfüllt damit die Anforderungen von Wissenschaftlern an ein flexibles, erweiterbares, standardisiertes Bearbeitungs- und Ansichtsprogramm chemischer Strukturen.

Dr. K. T. Taylor, Symyx Technologies, Santa Clara/USA

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