Komplette Genomsequenzierung von E. coli-Bakterien

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Thermo Fisher Scientific Life Technologies

Anschließend wurden die beiden Konsensus-Sequenzen miteinander verglichen: Alle Bereiche von O157:H7, die nicht in O55:H7 erkennbar waren, wurden als spezifische Sequenzen identifiziert. Diese Bereiche stellen potenzielle Zielsequenzen für Real-time-PCR-Assays zum Nachweis von E. coli O157:H7 dar.

Ergebnisse

Das Ergebnis der Analysen sind einzigartige O157:H7-Sequenzen, die relativ einheitlich über das gesamte Genom verteilt sind. Für das Solid-System konnte zuvor eine Genauigkeit von 99,999 Prozent bei 15-facher Deckung nachgewiesen werden. Im Rahmen des Experiments konnte für beide Bibliotheken sogar eine 20-fache Deckung erreicht werden, was auf die erfolgreiche Konstruktion der Bibliotheken hindeutet. Das spezifische, in diesem Experiment isolierte und in eine Sequenz gebrachte E. coli-O157:H7-Isolat stimmte zu 98 Prozent mit der Referenz-Sequenz überein. Das nah verwandte E. coli-O55:H7-Isolat stimmte zu etwa 92 Prozent mit dieser Referenzsequenz überein. Wie erwartet zeigten die O55:H7-Sequenzen keine Übereinstimmung mit Teilen der Referenzsequenz. Diese speziellen Regionen waren hingegen gut durch O157:H7-Sequenzen abgedeckt. Dies liefert einen weiteren Beweis dafür, dass es sich bei diesen Sequenz-„Lücken“ um echte Unterschiede zwischen den beiden nah verwandten Arten und damit um spezifische O157:H7-Sequenzen handelt. Die Daten zeigen, dass der hohe GC-Gehalt im Rahmen dieses Experiments keinen Einfluss auf die genomische Abdeckung hatte.

Die Leistungsfähigkeit der Plattform und die flexiblen Profilvorlagen-Formate ermöglichen es, die Genome jeweils zweifach auf einem einzigen Objektträger zu sequenzieren und dabei Zeit und Kosten zu sparen. Sequenzierungsprojekte mehrerer vollständiger bakterieller Genome können so statt nach Monaten in weniger als zwei Wochen abgeschlossen werden.

Literatur

[1] Wick, L., Journal of Bacteriology 17:1547-1549 (2007)

[2] Green P., Genome Res. 187:1783-1791 (2005)

*Dr. M. D. Rhodes, Applied Biosystems, Foster City, CA 94404, USA

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