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Biotechnica 2013 Proteomics und die Frage der Quantifizierung

| Redakteur: Dr. Ilka Ottleben

Top-Down oder Bottom-Up? Das ist eine, jedoch längst nicht die einzige Frage, die sich Forscher stellen müssen, die ein Proteom analysieren wollen.

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Dr. Friedrich Lottspeich beim Life Science Spotlight 2013.
Dr. Friedrich Lottspeich beim Life Science Spotlight 2013.
(Bild: LABORPRAXIS)

„Ich gehe davon aus, dass die Proteomik in Zukunft eine ganz normale quantitative High-Troughput-Proteinana­lyse-Methode werden wird“, ist sich Dr. Friedrich Lottspeich, MPI für Biochemie, sicher. Bis es soweit ist, muss sich die Methode jedoch noch einigen Herausforderungen stellen. Denn neben der grundsätzlichen Entscheidung, ob man sich der Analyse eines Proteoms proteinbasiert oder aber peptidbasiert nähert (Top-Down oder Bottom-Up), fördert insbesondere die Quantifizierung der aufgetrennten Proteine nach wie vor Fallstricke zutage, die es zu überwinden gilt.

Dabei ist die Probenvorbereitung ebenso entscheidend wie die Frage, wie sich Komplexität reduzieren lässt, wie die Daten-Analyse und wie die Methoden-Validierung erfolgt. Mit ICPL (Isotope-Coded Protein Labeling) hat Lottspeich mit seiner Arbeitsgruppe am MPI für Biochemie eine vielversprechende Methode der Proteinquantifizierung für Top-Down-Ansätze entwickelt und neben anderen Methoden im Rahmen des Life Science Spotlight vorgestellt.

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