Suchen

Next-Generation-Sequencing Qiagen stellt automatisierte Lösung für Next-Generation-Sequencing vor

| Redakteur: Doris Popp

Qiagen stellt eine Lösung für Arbeitsabläufe im Next-Generation-Sequencing (NGS) von der Probe bis zum finalen Ergebnis vor. Damit soll die routinemäßige Anwendung dieser Technologie in der klinischen Forschung und Diagnostik ermöglicht werden.

Firmen zum Thema

Dr. Dietrich Hauffe, Senior Vice President, Life Science Business Area bei Qiagen: „Wir nutzen unsere Kernkompetenzen mit neuen und bestehenden Qiagen-Produkten, um Lösungen zu entwickeln, die die Verbreitung von NGS-Technologien in neue Bereiche jenseits der Grundlagenforschung ermöglichen“.
Dr. Dietrich Hauffe, Senior Vice President, Life Science Business Area bei Qiagen: „Wir nutzen unsere Kernkompetenzen mit neuen und bestehenden Qiagen-Produkten, um Lösungen zu entwickeln, die die Verbreitung von NGS-Technologien in neue Bereiche jenseits der Grundlagenforschung ermöglichen“.
(Bild: Qiagen)

Marco Island, Florida/USA und Hilden – Qiagens Lösung für Arbeitsabläufe im NGS – ein Ökosystem bestehend aus Produkten und Dienstleistungen zur Bereitstellung automatisierter Prozesse von der ursprünglichen Probe bis zum digitalen Ergebnis – wird diese Woche beim 14. jährlichen AGBT-Meeting (Advances in Genome Biology and Technology) in Marco Island, Florida, dem Fachpublikum vorgestellt.

Der Verbreitung von NGS in Bereiche wie der klinischen Forschung und Diagnostik standen bislang zahlreiche Hindernisse im Wege. Dazu zählen insbesondere Schwierigkeiten in den Arbeitsabläufen, die im klinischen Umfeld – zum Teil aufgrund einer höheren Anzahl der zu verarbeitenden Proben – stärker ins Gewicht fallen. Andere Herausforderungen bestehen in manuellen Probenvorbereitungsprozessen, zeitlichen Verzögerungen durch die Stapelverarbeitung von Proben zur Steigerung der Kosteneffizienz einzelner Sequenzierläufe, sowie in der Geschwindigkeit und Qualität der Datenanalyse.

Die automatisierte NGS-Lösung besteht aus folgenden Komponenten:

  • Qiagens Qiacube für die voll automatisierte Isolierung und Aufreinigung von Nukleinsäuren sowie die Erstellung von Sequenzierungsbibliotheken (library preparation).
  • Neue Gene Read DNAseq Genpanels zur Anreicherung der zu untersuchenden Gensequenzen. Die Tests basieren auf der Gene-Globe-Sammlung von mehr als 60 000 vollständig annotierten molekularen Tests und sind speziell für NGS-Anwendungen konzipiert.
  • Qiacube NGS – ein neues Instrument auf Basis des Qiacube für die automatisierte Vorbereitung der Sequenzierungsmatrizen (template preparation).
  • Gene Reader – ein neuer NGS-Benchtop-Sequenzierer, der sich durch viele für Arbeitsabläufe in der Diagnostik relevante Leistungsmerkmale auszeichnet und ein hohes Maß an Flexibilität, Skalierbarkeit und Effizienz gewährleistet.
  • Eine dedizierte Softwarelösung von Qiagen für eine benutzerfreundliche und automatisierte Ergebnisanalyse.

Ein Schlüsselelement des NGS-Workflows von Qiagen ist der Gene Reader, welcher sich durch viele Merkmale auszeichnet, die für Kunden in der klinischen Forschung und Diagnostik von elementarer Bedeutung sind, um im routinemäßigen Laborprozess implementiert werden zu können. Der NGS-Sequenzierer kann kontinuierlich mit bis zu 20 Durchflusszellen für eine unabhängige und parallele Sequenzierung beladen werden. Zudem können einzelne Patientenproben kosteneffizient ohne die Notwendigkeit zur Indexierung oder Barcode-Kennzeichnung verarbeitet werden. Hierdurch kann die Verarbeitung jederzeit und in beliebiger Reihenfolge stattfinden.

Qiagen hat die SBS-Chemie (Sequencing-by-Synthesis) exklusiv für seinen NGS-Workflow lizenziert. Die Technologie erlaubt dank einer einzigartigen Kombination von unmarkierten und mit Fluorophor markierten „terminierenden Nukleotiden“ kosteneffiziente Sequenzierdurchläufe. Die chemischen Eigenschaften der Reagenzien stehen darüber hinaus für eine sehr hohe Sequenzierungsgenauigkeit mit schwierigen DNA-Motiven wie den DNA-Homopolymeren, die sich für die Sequenzierungschemien von Mitbewerbern als problematisch erwiesen haben.

„Wir nutzen unsere Kernkompetenzen mit neuen und bestehenden Qiagen-Produkten, um Lösungen zu entwickeln, die die Verbreitung von NGS-Technologien in neue Bereiche jenseits der Grundlagenforschung ermöglichen“, sagte Dr. Dietrich Hauffe, Senior Vice President, Life Science Business Area bei Qiagen. „Wir planen, im Verlauf des Jahres 2013 mit der Platzierung unserer NGS-Arbeitsabläufe bei ausgewählten Kunden zu beginnen. Wir erwarten, dass NGS bewährte molekulare Technologien, insbesondere die Echtzeit-PCR, ergänzen und erheblich zum weiteren Ausbau von Qiagens Führungsposition im Bereich der Proben- und Testtechnologien beitragen wird.“

Das Programm zur Entwicklung kompletter NGS-Arbeitsabläufe verläuft wie geplant und befindet sich derzeit in der „Verifizierungsphase“ der Entwicklung. Die Arbeitsabläufe werden derzeit Tests unterzogen, um sicherzustellen, dass die Kundenansprüche an Leistung und Zuverlässigkeit erfüllt werden. Ein NGS-Arbeitsablauf auf Basis der modularen Automationsplattform Qiasymphony befindet sich ebenfalls in der Entwicklung. Außerdem arbeitet Qiagen zusammen mit SAP an einem Bioinformatikprojekt, das die für die Analyse der Sequenzierungsdaten erforderliche Zeit durch Nutzung der SAP-Hana-Plattform reduzieren soll.

(ID:38223850)